運動的益處是肯定的，但運動療法潛在的副作用也應引起重視。
由於運動加重心髒負擔，因此可能使缺血性心髒病或高血壓(常無症狀)加重，引起心髒功能不全或心律紊亂。也可能誘發心絞痛甚至心肌梗死。
本身血壓過高，而運動後可能會發生體位性低血壓。
視網膜病變者，運動後視網膜出血的可能性增加，增殖性視網膜病變進展。
糖尿病腎病的患者，運動會減少腎血流量，使尿蛋白排出增加，加重腎髒病變。
部分糖尿病患者，尤其是i型糖尿病患者，在未很好控制血糖的情況下，運動會使血糖上升，出現尿酮體，甚至酮症酸中毒。
采用胰島素或磺脲類藥物治療的患者，在運動中易發生低血糖。
鑒於上述潛在的副作用，專業人員在指導糖尿病人運動時應按不同病情選擇適當的運動量和運動方式，尤其對於老年糖尿病患者，更要嚴格掌握適應證。
